Τα πρωταθλήματα Υποδομής της ΕΠΣ Ρεθύμνου έχουν ξεκινήσει, στις κατηγορίες Νέων και Παίδων, όμως η Ακαδημία μας δουλεύει εντατικά εδώ και δυόμισι μήνες σε όλες τις ηλικίες.
Στο πλαίσιο των προπονήσεων και εκγύμνασης των μικρών ποδοσφαιριστών μας, το τεχνικό επιτελείο της Ακαδημίας μας πραγματοποιεί ανά τακτά χρονικά διαστήματα φιλικά παιχνίδια με άλλες Ακαδημίες του νομού. Το περασμένο Σάββατο 5/11 διεξήχθησαν φιλικές συναντήσεις με την Ακαδημία του Άρη Ρεθύμνου στο γήπεδο των Αρμένων, στην ηλικιακή κατηγορία 2006-2007, ενώ το ερχόμενο Σάββατο 12/11 ακολουθούν νέες συναντήσεις και πάλι με την Ακαδημία του Άρη για την ηλικιακή κατηγορία 2008-2009.