Σε τρεις φάσεις θα ολοκληρωθεί το κύπελλο της Γ’ Εθνικής (εξαιρείται ο αγώνας του τελικού). Στο θεσμό που διεξάγεται για πρώτη χρονιά φέτος, η κλήρωση της 1ης, 2ης, 3ης και 4ης αγωνιστικής θα πραγματοποιηθεί ξεχωριστά για κάθε όμιλο.
Αφού ολοκληρωθεί η α’ φάση, κάθε όμιλος θα αναδείξει τον πρώτο.
Στη β’ βάση θα συναντηθούν οι 6 πρώτοι των ομίλων και οι 2 (μετά από κλήρωση) από τους 6 φιναλίστ των τελικών αγώνων των ομίλων προκειμένου να καταρτιστεί ένα σύνολο 8 ομάδων.
Στη γ’ φάση θα λάβουν μέρος οι 4 νικήτριες ομάδες των προημιτελικών και οι αγώνες θα είναι διπλοί λειτουργώντας με το σύστημα ΟΥΕΦΑ.
Φυσικά, όταν η διοργάνωση θα φτάσει στο σημείο να διεξαγάγει τον τελικό, αυτός θα λάβει χώρα σε ουδέτερη έδρα.
Τέλος, θα πρέπει να αναφέρουμε ότι τα έξοδα μετακίνησης των ομάδων αλλά και τα έξοδα των διαιτησιών, βαρύνουν τους ίδιους τους συλλόγους.
